甲硝唑主要用于部分原虫感染和多种厌氧菌感染所致的疾病，但对于孕妇和哺乳期妇女来说，是禁止口服的。甲硝唑的药物成分可以经血液循环通过胎盘屏障，从而对胎儿产生影响，尤其在孕早期，正是胚胎分化的关键阶段，此时服用甲硝唑容易导致胎儿畸形。
甲硝唑对厌氧菌和原虫等微生物具有抑制杀灭的作用，在临床上常用于厌氧菌感染所致的泌尿生殖系炎症、腹腔炎症、下呼吸道炎症和消化道炎症等，还有原虫感染所致的阴道滴虫病和阿米巴虫病等。甲硝唑做为一种妇科的常用药，常用于治疗细菌性阴道炎、滴虫性阴道炎等疾病。
孕妇使用任何药物都要小心谨慎，以免对胎儿产生不良的影响。一般不主张在妊娠期用药，即便有用药指征，也需在医生指导下合理用药。就甲硝唑而言，这种药物成分可以经过血液循环透过胎盘屏障，从而对胎儿产生影响，尤其是在怀孕早期，正是胚胎器官分化发育的关键阶段，此时口服甲硝唑容易导致胎儿畸形。因此对于孕妇而言，不可以口服甲硝唑。
当然，孕妇和哺乳期妇女虽然不适合口服甲硝唑，但是如果患有细菌性阴道炎、滴虫性阴道炎等疾病，也可以在医生指导下，适量使用甲硝唑栓或甲硝唑阴道泡腾片等阴道塞药，在不过量的情况下，外用药物是比较安全的，对胎儿也没有影响。
