大部分肝囊肿患者由于囊肿较小，一般没有明显的症状，许多患者甚至终生不出现症状;小部分肝囊肿患者由于囊肿较大，压迫到邻近组织或者合并感染、出血、扭转等并发症，可能引起右上腹不适、腹胀、腹痛、食欲不振、恶心呕吐和发热畏寒等表现。
大多数肝囊肿患者由于囊肿生长速度缓慢，体积较小，因此不会引起明显的不适症状，许多患者甚至终生没有不适症状，只是在体检时才发现肝内存在囊肿病灶。由于这一部分的肝囊肿危险性较小，对患者本身的工作生活也没有什么明显影响，因此临床上通常建议只要定期复查监测囊肿的变化，不必进行处理。
小部分的肝囊肿患者由于囊肿体积较大，压迫到邻近重要组织，或者出现了感染、破裂出血和扭转等并发症，那么就会引起明显的不适症状。比如较大的囊肿压迫到胃肠时，就会引起食欲下降、餐后饱胀和恶心呕吐等不适症状;囊肿压迫到肝门附近的肝管或胆总管时，就会出现消化不良和黄疸等表现;囊肿破裂出血时，可引起剧烈腹痛、发热和畏寒等类似腹膜炎的表现。
另外，还有些表浅位置的肝囊肿或者巨大的肝囊肿可以引起腹部包块，寄生虫所引起的肝囊肿可引起过敏反应;如果囊肿位于右上肝区还可引起呼吸困难等表现。由此可知，肝囊肿患者的症状表现取决于囊肿的大小、位置、病因以及是否有并发症等多种因素。
