小儿消积止咳口服液是纯中药类的口服液，所选用的中药材性质较温和，安全性较高，只要按照正确的用法用量来使用，一般不会出现毒副作用。目前临床用于治疗，尚未出现明显的不良反应。另外，由于此药的药理仍旧处于研究之中，因此副作用并不明确。
小儿消积止咳口服液具有明确的消除食物积滞和止咳功效。此药常用来治疗儿童饮食停积于胃部和痰热蕴阻于肺部所致的咳嗽、痰鸣、腹胀等症。但此药不适用于风寒咳嗽、肺虚燥咳以及咽喉炎等疾病所致的咳嗽。
用小儿消积止咳口服液进行实验室研究，发现该药的毒性实验对动物的主要脏器没有出现不良损害。临床治疗也没有发现此药对患者的肝脾、心脏等器官有不良作用。到目前为止，也没有临床报道此药的严重不良反应。因此还需对此药的药理进行更深的研究。
对小儿消积止咳口服液的组成进行分析。此药含有枇杷叶、枳实、瓜蒌、葶苈子、蝉蜕、连翘等多种性质苦寒的中药材，因此一般患儿的服用时间以不超过6天为宜。服用时间过长药量过大，可能会损伤脾胃功能，造成腹泻等不良反应。而本身脾胃虚寒的患儿需要在医师指导下酌情减量或者更换药物。
另外，如果不遵照医嘱随意用药，超出了用药剂量和频次;或者过敏体质的患儿服用了此药，亦有可能造成不明确的毒副作用。
