藏茵陈的副作用目前来说不是很明确，但作为一种经验用药，其副作用是比较小的，且用于临床治疗中未见有严重不良反应，而民间多用藏茵陈泡水喝或与茶同饮。当然，作为一种性质苦寒的药材，不建议大量服用或者长期服用，以免影响脾胃功能。
藏茵陈是一种藏医草药，性味苦寒，主要生于西藏地区，与中药茵陈是两种完全不同的药材。藏茵陈在藏医治疗中主要用于消化不良，而现代中西医则主要用其治疗肝炎和胆囊炎等疾病。从目前的临床使用情况来看，藏茵陈这种草药的副作用是比较小的，而且民间多用其煎汤、泡水或与茶同饮，因此只要不过量使用，是比较安全的。
现代药学研究发现，藏茵陈中含有齐墩果酸和苦龙胆甙等活性成分，是治疗黄疸、肝炎和胆囊炎等疾病的有效药物。而且藏茵陈中还含有多种微量元素、氨基酸和维生素B，因此每天少量服用，具有一定的保健功能。比如每天取4g藏茵陈和3枚大枣泡水喝，可以起到一定的保肝利胆作用。
虽然藏茵陈的副作用不明显，但不建议肝病患者大量使用此药，更不可长期大量服用，毕竟任何药物在过量时都可能对肝肾功能造成一定的不良影响。因此，关键在于合理用药。而且藏茵陈在使用时一般也会与其它药物配伍，或者制成中成药来使用，因此对于副作用的考虑也不是基于藏茵陈这一种药物。
