肝囊肿的治疗需要根据患者的具体病情来决定，对于较小的囊肿一般不需要做处理，只需要定期检查来观察囊肿发展，也可考虑在中医辨证指导下进行调理;对于较大的囊肿，如果引起明显不适，可考虑超声引导下穿刺抽液以及微创手术治疗等。
肝囊肿大多数是良性病变，因此患者不用过分担心。对于较小的囊肿，一般不需要进行治疗，但需要患者定期回医院复查，观察囊肿的进展，同时患者自身在日常生活中也要注意饮食和运动等良好生活习惯的建立，保护肝功能;当然也可以在中医指导下进行调理，比如使用疏肝散瘀的中药来促进肝囊肿的消退。
如果是较大的肝囊肿，没有明显不适症状者可在中医指导下进行调理;如果引起了明显不适症状，可以考虑在超声引导下穿刺抽液，从而缓解囊肿所引起的压迫症状，操作简便但需反复抽液，可作为不能耐受手术者的补充方法;对于合并感染或引起其他并发症的肝囊肿患者，需考虑行腹腔镜肝囊肿开窗引流术。传统的肝囊肿切除术现在很少单独使用。
非良性病变的肝脓肿，大多是由于寄生虫感染所致。如果囊肿的位置表浅，或者囊肿较大，可以行内囊摘除术;如果囊肿较小而且深藏于肝脏内，可以先定期检查，密切观察囊肿的发展，待囊肿增大到接近肝表面时再行手术治疗。
