肝囊肿患者大多数不用治疗，但要注意定期复查来监测囊肿的大小。有小部分肝囊肿患者因为囊肿较大而且引起了明显不适，或者囊肿有明显增大的趋势，那么需要考虑手术治疗，不能耐受手术者可以考虑中药治疗和超声引导下穿刺抽液等非手术治疗。
大部分肝囊肿患者是先天性因素所致，囊肿较小而且生长速度缓慢，不会对患者产生明显的影响，甚至有患者终生没有症状，因此对于直径小于5厘米的肝囊肿，一般不建议治疗，只要每半年或每一年复查一次，监测囊肿的变化即可，只要囊肿没有明显增大的趋势，就继续观察下去，不用治疗。
小部分肝囊肿患者由于囊肿过大，而且引起了明显不适。对于这种情况就需要积极治疗，临床上主要采用手术治疗，可以达到治愈的目的，目前应用最广泛的是腹腔镜肝囊肿开窗引流术，这是一种微创手术，创伤较小，治疗的效果也不错。传统的开腹手术已经比较少用。对于体质虚弱或重要脏器功能不全而不能耐受手术者，可以采用穿刺抽液等非手术治疗，但只能起到缓解不适的作用。
除了配合医生定期复查或者积极进行治疗外，患者在日常生活中也要注意对肝功能的保护，比如坚持规律的清淡易消化饮食，多吃海带、紫菜、香菇、黑木耳、豆芽和冬瓜等蔬菜瓜果，有助于减轻肝脏炎症和血肿，预防囊肿过快增大。
