肝囊肿的手术指征主要有以下几类，第一是肝囊肿直径大于5厘米，而且引起了明显不适症状;第二是在随访观察时发现肝囊肿有逐年增大的趋势;第三是没有明显症状但肝囊肿直径超过10厘米;第四是广泛的多发性肝囊肿。
大部分肝囊肿患者是较小的先天性囊肿，因此不需要手术治疗，只要定期随访观察就好。小部分的肝囊肿患者因为囊肿较大、位置特殊以及合并感染、出血等并发症，从而引起了明显的不适症状，具有一定的危险性，因此需要进行手术治疗，对于这一类型的肝囊肿患者来说，手术治疗的效果也非常好。
肝囊肿患者的手术指征主要有以下几类，第一是肝囊肿直径超过5厘米，而且引起了腹胀和腹痛等强烈不适症状;第二是在每年或每半年的定期随访中，发现肝囊肿有逐年增大的趋势，那么也需要考虑尽早手术治疗;第三是患者虽然没有明显不适症状，但囊肿巨大，直径超过了10厘米，可能压迫邻近重要组织器官，因此也需考虑手术治疗。
另外，如果是集中在某个部位的广泛性肝囊肿，也就是肝脏某个部位有非常多的囊肿，也可考虑手术切除;还有一种特殊情况是，如果肝囊肿患者需要手术治疗其它上腹部疾病时，可考虑同步切除肝囊肿。总的来说，大部分肝囊肿患者不需要手术治疗，小部分肝囊肿患者因为囊肿较大、位置特殊以及合并感染等并发症，需要考虑手术治疗。
