肝囊肿分为寄生虫性和非寄生虫性，前者主要是由于包虫寄生于肝脏内所致，后者主要是由于先天性肝内胆管发育异常、肝脏外伤、炎症和肿瘤等因素所致，分别称为先天性、创伤性、炎症性和肿瘤性肝囊肿。其中，先天性肝囊肿是最常见的类型，是一种良性病变。
肝囊肿有很多类型，根据囊肿的数量可以分为单发性和多发性肝囊肿，根据病因可分为寄生虫性和非寄生虫性肝囊肿。寄生虫性肝囊肿，主要是由于细粒棘球绦虫的虫卵进入人体后孵化，然后通过门静脉侵入肝脏形成包虫囊肿，少数寄生虫还可同时侵犯肺脏和其它器官。寄生虫性肝囊肿在我国并不多见，主要与牧区牛羊接触有关。
非寄生虫性肝囊肿比较多见，分为先天性、创伤性、炎症性和肿瘤性等多种类型。先天性肝囊肿也被称为单纯性肝囊肿，目前来说发病机制还不是很明确，医学界认为是由于胚胎时期肝内胆管发育异常，导致管腔内容物滞留而形成。先天性肝囊肿是最常见的类型，大约占所有肝囊肿患者的90%，是一种良性的肝脏病变。
创伤性肝囊肿是由于肝脏遭受外伤后，肝脏组织坏死液化或血肿而形成;炎症性肝囊肿是由于肝内胆管发炎或结石梗阻，从而导致胆汁分泌异常，肝内胆管扩张而形成。肿瘤性肝囊肿是肿瘤所致，包括括脐胎瘤、囊状淋巴管瘤和囊腺瘤等。
