原发性痛经可以通过多方面进行综合辨别。如果是青春期少女，其出现痛经可以初步判定为原发性痛经。也可以从检查分泌物激素水平判定，如果PGF2α含量增高，可基本判定为原发性痛经。还可以排查生殖系统疾病，判定是否是原发性痛经。
1、从女性年龄上进行初步判断
青春期少女的原发性痛经大多数由于子宫尚未发育完全有关。如果女性是9-18岁左右的青春期少女，其出现痛经可以初步判定为原发性痛经。
2、从检查分泌物激素水平判定
原发性痛经主要与女性月经时子宫内膜前列腺素PGF2α含量增高引起的。如果通过实验室检查分泌物激素水平，PGF2α含量增高可基本判定为原发性痛经。
3、排查生殖系统疾病进一步判定
原发性痛经不是器质性疾病引起的。对痛经女性排除盆腔器质性病变的存在。采取完整的病史，做详细的体格检查，尤其是妇科检查，排除子宫内膜异位症、子宫腺肌症、盆腔炎症及其它相关疾病。如果没有器质性病变，则可确诊为原发性痛经。
