腱鞘囊肿的患者如果没有采取正规的针刀治疗，可能会因为操作不当而损伤腱鞘周围的韧带、神经和血管等组织，导致关节疼痛、血肿等问题。患者在针刀治疗后如果不注意关节的保护，不注意预防感染，那么可能会影响关节功能的恢复。
腱鞘囊肿是一种囊性肿物，位于关节部位的腱鞘内，囊壁为致密的纤维结缔组织，囊内为浓稠的黏液。腱鞘囊肿好发于手腕背部和足背部，其次也可以发生于手指、肩部等部位。非手术疗法是腱鞘囊肿的首选，包括穿刺抽吸、加压包扎等。针刀疗法也是治疗腱鞘囊肿的方法之一。
用小针刀治疗腱鞘囊肿时，会将囊壁切开，然后让囊内容物分散到周围的软组织中，之后再采取加压包扎的方法。小针刀治疗虽然对腱鞘囊肿有一定的效果，但由于治疗过程中不能彻底清除囊壁，因此针刀治疗后，腱鞘囊肿的复发几率比较高。
对于腱鞘囊肿来说，采取正规的小针刀疗法，并不会产生后遗症。如果发生后遗症，主要是因为操作不当所致，比如操作者的专业技术不过关，损伤到了腱鞘附近的韧带、神经和血管等组织。或者说患者在针刀治疗后没有积极预防感染，不注意关节的保护，可能会影响腕关节、手指关节等组织的功能。
