长期吃止痛片可能会对消化系统造成伤害，可能会导致胃炎、胃溃疡等胃肠疾病。还有可能对肾脏造成伤害，可能会导致肾功能不全、尿毒症等，更严重的有可能会诱发肾癌、膀胱癌。还可能对血象造成很严重的影响，会引起白细胞、中性粒细胞的减少。
长期吃止痛片可能会对肾脏造成损害，可引起间质性肾炎、肾乳头坏死、肾功能不全等疾病。这些疾病的发生主要是由于止痛药抑制前列腺素的合成，导致肾脏出现严重的炎症。长期使用止痛片还会诱发胃溃疡，甚至是胃出血和胃穿孔。它主要是药物非甾体抗炎类止痛药会对胃粘膜产生刺激效果，从而伤害到胃粘膜。引起严重胃肠反应。
有些止疼药例如水杨酸、阿斯匹林等，它们会抑制肝内形成凝血酶原，使血液中凝血酶原的含量下降，使凝血时间延长，还能影响血小板的生理功能，造成凝血功能不足，引起出血倾向。保泰松、消炎痛等止疼药，它们会导致白细胞数量的减少，甚至出现粒细胞缺乏症。
还有一些止疼药物长期使用，会导致出现中枢神经系统紊乱，比如头痛眩晕、精神不振、睡眠不足等。要注意的是，无论使用任何的止疼药，都应该禁止饮酒，避免产生更严重的不良反应。
