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结肠炎的最佳治疗方法，是针对不同的病因进行不同的治疗。如果是感染性的结肠炎，常规根据细菌培养和药敏实验，来选用针对致病菌的抗感染药物，比如环丙沙星、甲硝唑等等。对于溃疡性结肠炎，常常选用非甾体抗炎药，比如艾迪莎、美沙拉嗪等药物。
对一些自身免疫性的肠道病变，或者是过敏引起的肠道炎症，往往需要给予皮质类固醇激素等治疗，但是这类药物的应用要慎重。此外对于结肠炎的最佳治疗，还应该包括对症治疗，缓解临床症状，比如说胃肠解痉药、止泻药、肠道菌群的调理药物，还有一些增加胃肠黏膜修复的药物。针对结肠炎的最佳治疗方法要根据不同的病因，不同的临床表现，采用不同的药物治疗。
