新生儿最好不要长时间口服益生菌，益生菌有调整肠道菌群，增强营养吸收的作用，但长时间服用，容易抑制肠道自身产生有益菌的能力，对药物产生依赖性。所以孩子消化不良的症状缓解以后，就不要再继续服用了。建议平时注意宝宝的腹部保暖，避免着凉。
益生菌属于对人体肠道有益的细菌，其在肠道内能够促进肠道内食物消化，分解和吸收。如果肠道内益生菌不足，常会出现消化不良，有时还会引起腹泻。一般婴幼儿如果有消化不良时，大多可以在医生的指导下，服用益生菌进行调理肠胃功能，但是正常的婴幼儿则不建议吃益生菌。
因为本身宝宝肠胃功能比较娇嫩，菌群平衡关系刚刚建立，也正在逐步完善当中，此时，如果吃益生菌，反而有可能破坏掉原本正常的肠道内菌群平衡，这就有可能让宝宝出现腹泻，或其他不良反应。这也是给婴儿盲目吃益生菌的坏处。
此外，益生菌虽然能够调节宝宝肠胃功能，并可相应的提高身体免疫力，但是益生菌保存条件比较苛刻，如果保存不好会使益生菌活血物质减少，这样益生菌就无法发挥其正常功效。而且给宝宝吃益生菌时也需要注意，益生菌的活性，常常会随着温度升高之后，就会进入到发酵过程，所以在保存益生菌时尽量要冷藏保存，以免口感变差，同时还需要注意，给宝宝吃的益生菌一定要在保质期内。
