胆汁淤积的原因有很多，包括病毒性肝炎、酒精肝、药物中毒性肝病等肝内原因以及胆总管结石、胰管癌等肝外原因，它们可导致胆汁分泌及排泄异常，引起胆固醇、胆酸、胆红素等胆汁成分的过度堆积，酗酒、感染、滥用药物、妊娠等都是常见的发病诱因。
临床上常将胆汁淤积的病因分为肝内原因与肝外原因。其中，最为常见的是肝内原因，包括病毒性肝炎、酒精性肝病、药物中毒性肝病、妊娠期胆汁淤积、原发性胆汁性肝硬化等疾病。
病毒性肝炎可由密切接触肝炎患者、食用被肝炎病毒污染的食物等因素诱发;酒精性肝病的主要诱因是酗酒;药物中毒性肝炎一般由长期食用某种药物引起，这种药物或其代谢产物会损害肝细胞;妊娠期胆汁淤积是一种特殊的只发生于孕妇的疾病，一般在孕二十八到三十周发作，以皮肤瘙痒和黄疸为主要表现，产后可恢复。
理论上说，胆流障碍可以发生在肝细胞、胆小管及肝胰壶腹通路中的任何部位，胆汁淤积的肝外原因主要包括胆总管结石和胰管癌，但也可能是胰腺假性囊肿、胰腺炎、硬化性胆管炎、胆总管良性狭窄、胆管癌等疾病的原因。
