在保守治疗效果不佳的情况下，胃食管反流患者可以通过抗反流手术或胃食管成形术来缓解或消除症状，但手术能不能改善反流性咳嗽、胸痛等症状仍未能明确，其对反流、烧心等现象的近期疗效较好，但远期疗效有待观察，需要谨慎选择手术。
胃食管反流病的主要治疗方式为药物治疗，通过应用抑酸药、胃动力药、黏膜保护剂等药物来减轻不适，或者通过调整饮食结构、改善生活习惯来调养身体。大部分患者的反酸、烧心等症状可以在用药几天后明显缓解，继续用药两到四周或者八到十二周即可达到治愈的效果。
如果抑酸药物对胃食管反流有效，但是病人非常排斥长期用药，或者症状反复发作，严重影响到正常的工作和生活，可以考虑做腹腔镜下胃底折叠术或内镜下抗反流手术，其中，内镜下抗反流术包括内镜腔内胃食管成形术、注射或植入技术和射频治疗等手术，可根据患者的实际情况进行选择。
需要注意的是，部分患者有反流性胸痛、反流性咳嗽、反流性哮喘等食管外症状，手术干预对这类情况的治疗效果是因人而异的，如果患者的症状不重，建议以保守治疗为主。但如果患者出现了严重并发症，或者高度怀疑有恶变倾向，可以根据医生的建议行手术治疗。
