肠胃炎根据病因病情选择的治疗药物也会有所不同。如果是细菌感染引起的肠胃炎，在补液和防止脱水的情况下，还需要进行适量的抗生素来杀灭细菌。如果是病毒感染引起的，更多采用的是对症的治疗。一般到三天到七天左右肠胃炎就会痊愈。
在明确肠胃炎的诱发原因的情况下可以根据不同的诱发因素，选择不同的药物进行病原治疗。如果是细菌感染引起的肠胃炎，在补液和防止脱水的情况下，还需要进行适量的抗生素来杀灭细菌。若为急性肠胃炎则需要购买一些起效快的药物，例如铝碳酸镁等。对于慢性肠胃炎来说一般不需要抗生素进行治疗。
如果是病毒感染引起的，在临床上更多采用的是对症的治疗，如出现发热，就进行退热治疗。如出现腹泻，就尽量保护肠粘膜，减少腹泻发生的次数等相关治疗。因为病毒大多数是自限性的疾病，只要是在机体功能正常的情况下，一般到三天到七天左右肠胃炎就会痊愈。
在没有明确病因的情况下，要慎重服用止泻药物，以免掩盖真实的症状从而造成误诊，延误病情的治疗。如果确认为是病菌感染，根据不同的病因，在医生的指导建议下使用相应的抗生素缓解症状。
