幽门螺旋杆菌阳性并伴有临床症状一般需要进行治疗。幽门螺旋杆菌是引起胃及十二指肠溃疡、慢性萎缩性胃炎、胃癌等多种消化道系统疾病的常见诱因，而且幽门螺旋杆菌具有传染性，会通过亲密接触，如接吻等进行传播，所以尽量避免与幽门螺杆菌共用碗筷。
幽门螺杆菌可以作为胃炎、慢性咽炎、口腔溃疡等消化性溃疡的主要原因，对于患有这些疾病的患者来说，治疗首要就是要根除幽门螺杆菌，否则治疗相对困难。幽门螺杆菌的传染力很强，可通过手、不洁食物、不洁餐具、粪便等途径传染，在水中可以存活。所以日常饮食要养成良好的卫生习惯，预防感染。
目前，并非所有幽门螺杆菌感染者都要进行治疗。若无临床症状，即使幽门螺杆菌为阳性，也不需要清除，可定期观察、根据医生的建议来决定如何治疗。如果出现消化性溃疡、慢性胃炎伴胃黏膜萎缩或糜烂、早期胃肿瘤已行内镜下切除或手术胃次全切除等治疗指征，则需进行根治。
目前尚无一种单一的药物能根除幽门螺杆菌，因此提倡质子泵抑制剂与抗生素和铋剂联合应用。目前根除的方案有多种，包括标准三联和四联、伴随治疗、序贯治疗、混合治疗等。
