目前明确对幽门螺杆菌有杀灭作用的药物就是抗生素，而质子泵抑制剂和铋剂可以提高抗生素的杀菌效果。临床上主要采用三联药物或四联药物来根除幽门螺杆菌。除此之外，像中医药和益生菌对于幽门螺杆菌也有一定的抑制作用，还能改善患者的不适。
1、根除治疗
幽门螺杆菌的四联治疗可以达到较好的杀菌效果，也是目前临床上治疗幽门螺杆菌的主流手段。一般是先选择经验性的抗生素来杀灭幽门螺杆菌，如果不能完全根治，就可以通过药敏试验来确定敏感的抗生素，进而达到更好的杀菌效果。
2、中医药
中医药治疗虽然不像抗生素那样有比较明确的杀菌效果，但对于幽门螺杆菌感染也是有效的。中药的成分极为复杂，某些中药提取物在实验中也表现出了较好的抑菌杀菌作用。但目前来说，中医药治疗是通过辨证论治，整体调理患者的身体，提高抗病能力来促进康复。
3、益生菌
适当服用益生菌可以抑制幽门螺杆菌的增殖，有助于提高和巩固四联药物治疗的效果。吃益生菌还可以调节肠胃功能，改善消化不良和肠道菌群紊乱，对于幽门螺杆感染引起的肠胃不适有缓解的作用。
