部分肠道功能紊乱的患者可以自愈，患者可以通过调整饮食习惯、调整生活作息以及控制情绪等生活调理的方式进行自愈。如果患者无法自愈，那么就需要及时前往医院进行治疗，医生会根据患者的实际情况选择合适的调节肠道功能的药物进行治疗。
肠道功能紊乱最主要的原因是饮食不规律、生活节律改变，进食辛辣、刺激的食物，以及情绪不稳定，抑郁、焦虑等导致支配胃肠道的植物神经功能紊乱，而导致的腹痛、腹胀、腹泻、便秘或者腹泻和便秘交替出现的临床症状。
部分肠道功能紊乱的患者是可以自愈的。患者可以通过饮食调节、生活作息的调节以及控制情绪可以达到自愈的目的。但是部分患者通过饮食、情绪调节等仍然不能改善症状，这种情况就需要口服调节肠道功能的药物来进行治疗，可以口服马来酸、曲美布汀片等来调节肠道功能。
如果腹泻比较明显，可以口服复方谷氨酰胺胶囊和固本益肠丸来进行治疗。对于便秘可以口服乳果糖口服液软化大便，促进排便。对于焦虑和抑郁比较明显的患者可以口服黛力新进行治疗，同时对于肠功能紊乱最好做结肠镜检查排除肠道的器质性病变，然后进行综合治疗。
