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沙眼衣原体的核酸检测，主要是通过对泌尿道和生殖道的分泌物进行检测，检查DNA的特异性改变，从而判断患者是否存在沙眼衣原体感染的情况。沙眼衣原体通常由性病感染，接触感染患者使用过的物品、衣物、洗浴用品等，还可以发生交叉感染。
沙眼衣原体感染后，主要引起患者的结膜囊异常，沙眼衣原体核酸检测呈阳性，就说明患者已经感染了沙眼衣原体，可以使用抗生素类的药物进行治疗。妇女感染沙眼衣原体后，可能引起不孕不育或妇科疾病，因此沙眼衣原体核酸检测阳性的患者，需要夫妻共同检查、共同治疗，通常可以获得很好的疗效。
