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肠镜检查的时候，患者一般需要左侧位，然后双腿屈膝，医生会把肠镜从患者的肛门慢慢地放入肠道进行肠镜检查。肠镜检查前不要吃粗纤维饮食。在肠镜检查过程中，要尽量配合医生，做深呼吸或体位变换。
在肠镜检查后患者腹部会稍不适，但可以通过在排便、排气来缓解腹部的不适。如果出现剧烈腹痛，或者是疼痛持续不能缓解，那么这个时候就要及时的就医，以防止在检查过程中，肠道发生肠穿孔等并发症。所以肠镜检查过程中，应严格按照医生建议进行观察。
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